K nejdůležitějším událostem v listopadu 1989 patřila generální stávka vyhlášená Občanským forem na 27. listopadu. Zjištění, že se jí zúčastnila drtivá většina všech pracujících, srazilo již beztak ochablou sebedůvěru komunistického vedení. Svolilo proto k demontáži systému, odstranění článku o vedoucí roli komunistické strany z ústavy, vytvoření nové vlády s převahou nekomunistických ministrů a nahrazení některých komunistických poslanců novými, zastupujícími nové politické síly. Stvrzením všech těchto změn se stala volba Václava Havla prezidentem republiky.
Předsednictvo Ústřední rady odborů (ÚRO), které bylo stále ve vleku ÚV KSČ, odsoudilo generální stávku jako "hazard s vážnými politickými, sociálními a ekonomickými důsledky". Takové stanovisko bylo ovšem v příkrém rozporu s názory obyčejných odborářů, kteří se účastnili všech manifestací. Na některých závodech generální stávku připravovaly přímo závodní výbory, většinou se však začaly vytvářet zvláštní stávkové výbory, nezávislé na dosavadních odborových strukturách.
Představitelé stávkových výborů vytvořili 24. listopadu Sdružení stávkových výborů (SSV), v jehož vedení na sebe nejvíce upozornil Igor Pleskot. Za svůj hlavní úkol po ukončení stávky považovali (kromě kontroly plnění stávkových požadavků a pomoci v případě represe) vytvoření nových odborů, které by nahradily ROH. SSV proto doporučovalo, aby stávkové výbory vyzvaly pracující k vyslovení nedůvěry stávajícím odborovým orgánům, především ÚRO, požadovaly zrušení dosavadní odborové struktury a její přebudování na strukturu profesních svazů.
Na poslední chvíli se vzpamatovalo i staré vedení ROH. Uvědomilo si, že staré, zprofanované struktury v čele s Miroslavem Zavadilem (dříve velvyslancem v SSSR a ředitelem Čedoku) nedokáží reagovat na změněné poměry a kvůli své minulosti ani nedokáží nikoho oslovit. Řízení ROH převzal Akční výbor (AV), vedený Karlem Henešem, bývalým horníkem a předsedou okresní odborové rady.
Hlavním trumfem ÚRO byla skutečnost, že mohla nakládat s ohromným majetkem. Zatímco SSV mohl úřadovat jen v propůjčených místnostech a s jedním počítačem (rovněž zapůjčeným), měla ÚRO a s ní spojené správy a organizace k dispozici kromě hlavní budovy na Žižkově celou síť odborových domů, rekreačních objektů a přirozeně i velký majetek movitý. Podle výčtu, který podal předseda revizní komise ÚRO, dosahoval zhruba výše 16 miliard Kčs.
Na vedoucí místo v struktuře budoucího odborového hnutí aspirovala tedy dvě seskupení. Přitom bylo celkem každému jasné, že v budoucnosti budou odbory muset především reagovat na problémy spojené s tržním hospodářstvím. V takovém případě by se odbory tedy musely stát zcela nezávislými, zaměřenými výhradně na sociální oblast, na obranu práv pracujících - na druhé straně je nezbytné, aby se zbavily odpovědnosti za hospodářský vývoj a všechny další činnosti, které vykonávaly z pověření státu. Všichni se také více méně shodovali, že odbory mají vzniknout ze silných základních organizací a samostatných odborových svazů. Jako další významný princip budování nové struktury odborového hnutí uváděli všichni jednotu odborů - počítali zřejmě se zastřešením svazů v podobě jakési konfederace.
Na odborových schůzích se o těchto problémech hovořilo, od konce listopadu se také začaly konat přípravy na vybudování nové organizační struktury. Základní organizace se měly sdružovat podle profesních zájmů do odborových svazů, které se měly stát hlavními představiteli odborového hnutí. Se všeodborovými orgány se vůbec nepočítalo. Demokratické volby, které by obměnily vedení základních organizací i odborových svazů, a změna struktury měly být zárukou jak toho, že staré síly ztratí moc, tak toho, že odborové hnutí bude připraveno na nové úkoly.
Příprava ustavujících sjezdů odborových svazů byla totiž velice komplikovaná. Ukázalo se totiž, že při ponechání starých vazeb nestačí jen provést nové volby - existující svazy se začaly okamžitě dělit, a to jak podle profesních hledisek, tak podle národnostního složení, tedy na české a slovenské. Takové rozdrobení bylo po létech nedobrovolné koncentrace přirozené, odpovídalo snahám po co největší akceschopnosti, ale na druhé straně odborové hnutí velmi atomizovalo.
Velkou vzpruhu pro udržení odborové jednoty proto nepochybně znamenal sjezd kováků, jehož delegáti všechny snahy po rozdělení odmítli. Předsedou tohoto největšího svazu byl zvolen vedoucí představitel SSV - Igor Pleskot, což pochopitelně opět podpořilo reformní tendence. Vytvoření svazu KOVO jako federálního, jednotného, byť profesně i národnostně členěného subjektu bylo o to důležitější, že na počátku roku 1990 zesílilo úsilí o rozdělení československého odborového hnutí na českou (českomoravskou) a slovenskou část. Kromě toho se v únoru osamostatnily ještě některé umělecké svazy, které ustavily nezávislou Konfederaci umění a kultury.
Proces formování nového odborového hnutí měl být zakončen sjezdem. Na tom se shodl jak Akční výbor ROH, tak SSV. Jeho přípravy se však chopily především odborové svazy, resp. Komise pro přípravu sjezdu, kterou si vytvořily. Sjezd byl svolán až na počátek března, protože bylo jisté, že do té doby proběhnou ustavující sjezdy všech svazů.
Sjezd se konal 2.-3. března 1990 v Praze. Byl koncipován jako všeodborový a všesvazový. Označení všeodborový odpovídalo zvyklostem ROH; na tomto sjezdu měla být ovšem tato organizace zrušena. Na všesvazovém sjezdu, který se měl konat druhý den, měly naopak vzniknout nové odbory. Dva a půl tisíce delegátů z celého Československa, které dopoledne 2. března 1990 uvítal první moderátor Komise pro přípravu sjezdu Richard Falbr, se muselo vypořádat s mnoha problémy. Sám o sobě složitý úkol zrušit ROH a zachránit zároveň jeho majetek komplikovaly neshody mezi zástupci AV ROH (kteří se prvního dne sjezdu zúčastnili) a SSV, mezi některými českými a některými slovenskými delegáty a nakonec i mezi jednotlivými svazy.
S ukončením činnosti ROH všichni delegáti (kromě zástupců AV) souhlasili; rozpaky vzbuzoval způsob, jak se mělo naložit s majetkem ROH. Ta část majetku, která patřila formálně ROH, ale fakticky byla v držení základních organizací či svazů (říkalo se, že měly právo k hospodaření), šla jednoduše převést i do formálního vlastnictví dosavadních držitelů. Jinak to bylo s majetkem, který patřil bezprostředně ROH, byl "všeodborový". Podle původních představ ho měla převzít federální konfederace, kterou měly na tomto sjezdu odborové svazy založit. Ta by potom provedla příslušné vyrovnání.
Toto řešení ale narazilo na odpor; zástupci svazů, sdružených do Konfederace umění a kultury, prohlásili, že do této ústředny nevstoupí, a měli obavu, že by mohli být zkráceni ve svých právech, resp. v tomto řešení viděli nátlak, aby se jejich organizace začlenila do konfederace. Mimo navrhovanou konfederaci mohla stát také velká část slovenských odborářů. Přitom se na sjezdu opakovalo často přesvědčení, že pokud se otázka majetku spolehlivě nevyřeší, nebudou někteří delegáti ochotni ROH zrušit a to bude nadále existovat. Jeden delegát dokonce tvrdil, že mu tato situace připomíná scénu, kdy se dědici přou nad úmrtním ložem dědečka, který nemůže umřít, dokud se nedohodnou. Další obtíž představoval fakt, že jako s dědicem se počítalo s organizací, která ještě nevznikla. Proto také v průběhu sjezdu došla návrhová komise k názoru, že by bylo nejvhodnější přerušit již probíhající všeodborový sjezd, zahájit sjezd všesvazový a na něm založit z vůle všech svazů orgán, který by se stal nástupcem ROH v majetkových záležitostech. Návrh, který jménem komise přednesl Petr Šimerka, vzbudil velký údiv, ale nakonec s ním všichni delegáti souhlasili, a tak když byla vyřešena otázka, komu dědictví předat, trvalo "dobití dědečka" jen krátce. (Majetek ROH převzala instituce, nazvaná později Majetková, správní a delimitační unie - MSDUOS.)
Další den měl být věnován vytváření organizační struktury nových odborů. Ukázalo se ovšem, že mnoho otázek, které by jinak přicházely v úvahu, zůstávají v kompetenci svazů. Jednání se tak vlastně musela zúžit na podobu budoucí společné centrály. Avšak o tom, jaký by měla mít charakter a kompetence, se mínění jednotlivých delegátů rozcházela. Původní představy, připravené v Praze, narušili slovenští zástupci, jimž záleželo na tom, aby útvar, který vznikne na Slovensku, byl samostatnou ústřednou, která se teprve potom možná spojí s českou. Takový postup považovali za správnější z hlediska vytváření odborů zdola nahoru, zatímco v přednostním budování celostátních struktur viděli někteří oslabování republikové suverenity. Východisko z těchto sporů proto musela najít improvizovaná porada předsedů odborových svazů. Její závěry potom přednesl sjezdu Igor Pleskot. Ujistil všechny, že konfederace se bude starat jen o federální problémy a nebude zasahovat do působnosti republikových orgánů.
Dospělo se rovněž k názoru, že nový orgán bude jen zajišťovat spolupráci odborových svazů. Nepůjde tedy o silnou centrálu, která by měla právo svazům něco ukládat, nýbrž o organizační rámec, platformu pro vytvoření skutečné neformální akční jednoty odborů: "Konfederaci je třeba chápat tak, že jsou to svazy. Není to nic nad svazy, je to, cosi svazy vytvářejí pro svoji potřebu, aby mohly znásobit své síly." Takové pojetí vy cházelo vstříc těm, kteří se obávali oživení staré centralizace.
Nakonec sjezd tento orgán s názvem Československá konfederace odborových svazů (ČSKOS) schválil. Podle Zakládající listiny měla ČSKOS usilovat o vytvoření akční jednoty odborového hnutí na principu odborové sounáležitosti, solidarity a společných zájmů odborových svazů a o obhajobu oprávněných zájmů a práv pracujících, sdružených v odborových svazech; dále se měla starat o zastupování československého odborového hnutí v mezinárodních nadodvětvových organizacích. Konkrétní úkoly spočívaly v koordinaci svazů (v rozsahu delegovaných pravomocí), v jejich zastupování vůči státním a politickým orgánům v případě, že půjde o záležitosti přesahující působnost jednoho svazu. (Odborové svazy se mohly navíc sdružovat a vystupovat společně bez konfederace.) Dále se počítalo se zastupováním na mezinárodní scéně a provozováním společných činností a služeb ve prospěch odborových svazů a jejich členů.
Statut ČSKOS byl oproti původnímu návrhu zjednodušen, zkrácen, zejména o pasáže, týkající se republikových orgánů, navíc měl jen dočasnou platnost. Statut stanovil, že odborové svazy a sdružení na úrovni svazů vytvářejí Generální radu, která se skládá ze dvou republikových komor. Generální rada zřizuje celostátní účelová zařízení, přijímá stanoviska k zákonům, uplatňuje zákonodárnou iniciativu, schvaluje členství v mezinárodních odborových organizacích, rozhoduje o vyhlášení generální stávky. V čele Generální rady prezídium, složené z prezidenta, viceprezidentů a výkonného tajemníka. Prezidentem ČSKOS se stal Igor Pleskot, jednoznačně nejvýraznější postava tohoto období.